بیوگرافی سید علی خامنه ای
نویسنده: علی اصغر قره داغی دوشنبه, 22 آبان 1396
بیوگرافی سید علی خامنه ای
سید علی خامنه ای متولد 29 فروردین 1318 فرزند سیدجواد، دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران فرزند مرحوم حجتالاسلام و المسلمین حاج سید جواد حسینی خامنهای در مشهد مقدس چشم به جهان گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگی مرحوم سید جواد خامنهای هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینی، بسیار ساده بود .
به گفته وی «پدرم روحانی معروفی بود، اما خیلی پارسا و گوشهگیر زندگی ما بهسختی میگذشت. من یادم هست شبهایی اتفاق میافتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت برای ما شام تهیه میکرد. آن شام هم نان و کشمش بود.»
خانهای که خانوادهی سید جواد در آن زندگی میکردند در یکی از محلههای فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدری من که در آن متولد شدهام، تا چهار پنج سالگی من، یک خانهی 60ـ 70 متری در محلهی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفهای! هنگامی که برای پدرم میهمان می آمد و معمولاً پدر بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت همهی ما باید به زیرزمین میرفتیم تا مهمان برود. بعد عدهای که به پدر ارادتی داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.»
پدر
پدرش سیدجواد خامنهای از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانوادهاش به تبریز آمد. پس از اتمام دورهی سطح، در حدود 1336 ق به مشهد مهاجرت کرد و در فقه و اصول از محضر بزرگانی چون حاجآقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهرهمند گردید . سپس در 1345 ق به نجف رفت و از حوزهی درس میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقاضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از سه نفر مذکور اجازهی اجتهاد گرفت. او در پی تصمیم بازگشت به ایران راهی مشهد شد و برای همیشه در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهدهدار گردید. او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود. وی علاقهی زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با همردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبائی، حاج سید علیاکبر خوئی، حاج میرزا حبیب ملکی و … تا دهها سال ادامه داشت. همچنین فردی پرهیزگار و بیتوجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانهای داشت .
پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانهی خود ادامه داد. به دلیل بهرهمندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد . امام خمینی در پیام تسلیتی به آیتالله خامنهای به مناسبت فوت پدرش، آیتالله سیدجواد خامنهای را عالمی با تقوا و متعهد برشمرد.
جد اعلای ایشان سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی میرساند. شجره وی به سلطانالعلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد میرسد که با پنج واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است. جدش سیدحسین خامنهای (تولد حدود 1259 ق / درگذشت 20 ربیعالثانی 1325 ق ) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد اساتید بزرگی چون سیدحسین کوهکمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی تلمذ کرد و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزهی علمیهی نجف اشرف، در زمرهی فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت. او در سال 1316 ق به تبریز آمد و مدرس مدرسهی طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد . دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی و از علمای طرفدار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق میکرد. برخی از آثار علمی ایشان از جمله حاشیه بر کتابهای ریاضالمسائل، قوانینالاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانهی حسینیهی شوشتری نجف شد . شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود. سیدمحمد خامنهای (1293 نجف/شعبان 1353 ق نجف) مشهور به پیغمبر، عموی آیتالله خامنهای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود، و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه بهشمار میرفت.
مادر
بانو میردامادی (1293ش ـ 1368ش)، مادر آیتالله خامنهای بانویی زاهد، متشرع، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود. او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی با فرزندان مبارزش، بهویژه آیتالله سیدعلی خامنهای همگام بوده است .آیتالله خامنهای درباره مادرشان میگویند: «مادرم خانم بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظ شناس – البته حافظ شناس که میگویم، نه به معنای علمی و اینها، به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ – و با قرآن کاملاً آشنا بود و صدای خوشی هم داشت.
ما وقتی بچه بودیم، همه مینشستیم و مادرم قرآن میخواند؛ خیلی هم قرآن را شیرین و قشنگ میخواند. ما بچهها دورش جمع میشدیم و برایمان به مناسبت، آیههایی را که در مورد زندگی پیامبران است، میگفت. من خودم اولین بار، زندگی حضرت موسی، زندگی حضرت ابراهیم و بعضی پیامبران دیگر را از مادرم – به این مناسبت – شنیدم. قرآن که میخواند، به آیاتی که نام پیامبران در آن است میرسید، بنا میکرد به شرح دادن.»
آیتالله سیدهاشم نجفآبادی (میردامادی) (1303 ق _ 1380 ق)، جد مادری آیتالله خامنهای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوندخراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمهی جماعت مسجدگوهرشاد بود و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژهای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دورهی حکومت رضاشاه، به سمنان تبعید شد. آیتالله خامنهای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب میرساند .
فرزندان
در بین فرزندان رهبر معظم انقلاب، حجت الاسلام سیدمسعود خامنهای، بیشترین اهتمام را به جمعآوری خاطرات پدر داشته اند و به و اداره دفتر حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب مشغول است و عمده تصاویر منتشره از فرزندان رهبر انقلاب متمرکز بر این فرزند رهبری است.رهبر معظم انقلاب اسلامی، از معدود چهرههای تاریخ معاصر جهان است که فرزندانشان نقش حداقلی نیز در اثرگذاری بر قدرت حاکم ندارند؛ اما از فرزندان سکاندار انقلاب اسلامی ایران چه میدانیم و ایشان اکنون در چه موقعیتی هستند و چه نقشهایی بر عهده دارند؟
یکی از مباحثی که برای عموم مردم اهمیت و جذابیت دارد، خانواده حضرت آیت الله خامنهای است. رهبر معظم انقلاب دارای شش فرزند هستند. نام خانوادگی همسر ایشان «خجسته» است.نام دخترانشان بشری خامنه ای و هدی خامنه ای ، نام فرندان پسرشان سید مصطفی خامنه ای ، سید مجتبی خامنه ای ، سید مسعود خامنه ای و سید میثم خامنه ای است. دو تن از فرزندان پسر ایشان هشت سال در جبهههای جنگ ایران و عراق حضور داشتند.
شهید سردار نورعلی شوشتری از فرماندهان جنگی ایران دربارهٔ حضور وی گفته بود: «… به دفعات در جبهه نبرد حاضر شدند و در عملیات های مختلف شرکت کردند؛ مثلاً یک شب در عملیات «بیتالمقدس 3» بود که دیدیم «آقا سید مجتبی» با پسر آقای هاشمی رفسنجانی، آن جا ظاهر شدند.
اما در هنگامی که من مشغول صحبت با بیسیم و انجام کارهای دیگر بودم، با فرزند آقای هاشمی راه افتادند به طرف خط، من هر چه کردم نتوانستم آنها را نگه دارم و رفتند. بعد با فرمانده لشگرشان تماس گرفتم و گفتم: اینها دارند میآیند مواظب باش که در خط شکنی شرکت نکنند.روز بعد که به منطقه رفتم، دیدم اینها روی ارتفاعات «قَشَن» جایی که در نوک نقطه دفاعی قرار داشت و در محلی که واقعاً هم تخلیه مجروح از آن جا سخت بود و هم رساندن مهمات و آذوقه خیلی مشکل بود».
یکی از دختران ایشان همسر فرزند آیت الله محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است که ضمن آراستگی به لباس شریف روحانیت و علم دین در دانشگاه های کشور نیز به تدریس متون حقوقی به زبان فرانسه اشتغال دارند و دختر دیگر ایشان، همسر فرزند آیت الله باقری کنی از علمای تهران است.
سید مصطفی خامنهای ، فرزند بزرگ ایشان با دختر آیتالله خوشوقت ازدواج کرده است. سید مجتبی خامنهای داماد دکتر غلامعلی حداد عادل است. سید مسعود خامنهای نیز با فرزند آیتالله خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده است. سیدمیثم خامنهای کوچکترین فرزند ایشان نیز به ازدواج دختر آقای لولاچیان از بازاریان متدین در آمده است.
مقام معظم رهبری همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیتهای سیاسی و اقتصادی مبرا داشته و به ایشان توصیه کردهاند، در کارهای اقتصادی وارد نشوند و ایشان نیز همواره تابع نظر پدر خویش بودهاند.حجتالاسلام و المسلمین احمد مروی معاون ارتباطات حوزه ای دفتر مقام رهبر معظم انقلاب در این رابطه می گوید: «ایشان چهار فرزند پسر دارند که هر چهار نفر، طلبه و معمم هستند و حقیقتاً هم درس میخوانند.خوب هم درس میخوانند. من با اینها مأنوسم، این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، گعده داریم، صحبت میکنیم. یک بار ندیدهام که اینها راجع به پولی، امکاناتی و چیزهای از این قبیل صحبت بکنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یک فرد معمولی است».
همسر سید مصطفی خامنه ای دختر آیت الله خوشوقت می باشد .وی درباره زندگی حجت الاسلام مصطفی خامنه ای خاطره ای نقل می کند و می گوید: «آقا مصطفی آقازاده بزرگ آقا همان سال اول ازدواجشان که طلبه قم بودند، خانهای اجاره کرده و مستأجر بودند – الان هم مستأجرند ـ ما را یک روز برای ناهار دعوت کردند. ما رفتیم منزل ایشان.یک سال از ازدواج ایشان نگذشته بود، ماههای اول ازدواج ایشان بود. ما هم یک گلدان معمولی خریدیم و رفتیم که دست خالی نرویم.
من واقعاً تعجب کردم که آیا این خانه، خانه یک تازهداماد است؟! حالا نه خانه فرزند رهبر انقلاب و مقام اول کشور، حتّی خانه یک تازهداماد هم این نیست. یعنی یک خانه تازهداماد، بالاخره یک زرق و برقی دارد؛ تا مدتها این زرق و برق خانه تازهداماد و خانه تازه عروس، هست. من در خانه اینها، واقعاً همان زرق و برق معمولی یک تازهداماد و یک تازه عروس را ندیدم. بسیار زندگی معمولی، دوتا فرش ماشینی، آن هم نه سه در چهار چون من دقت داشتم به این چیزها. دور و بر خودم را نگاه میکردم.
حواسم بود و تا آنجا که میتوانستم، رصد میکردم اوضاع و احوال خانه را. دو تا فرش شش متری انداخته بودند، دور خانه هم موکت بود و دو سه تا پشتی ابری معمولی، نه مبلمانی، نه زرق و برقی! زندگی ساده و خوبی در آقازادههای ایشان سراغ داریم».
وی می گوید: «آقازادهها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همکاری دارند، والاّ هیچ یک از آقازادهها مسئولیتی ندارند. جایی هم مشغول نیستند.ممحّض در درس و کار طلبگی هستند درس میخوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت کردهاند. خود آقا مصطفی که الان سطوح عالیه را در قم تدریس میکنند. ایشان مکاسب و کفایه در قم تدریس میکنند.
همسر سید مجتبی خامنه ای دختر غلامعلی حداد عادل می باشد .غلامعلی حدادعادل درباره نحوه شکل گرفتن وصلت دخترش با حجت الاسلام سیدمجتبی خامنهای می گوید: «سال 77 ، خانمی به خانه ما زنگ زده و گفته بود که می خواهیم برای خواستگاری خدمت برسیم. خانم ما گفته بود دختر ما در حال حاضر سال چهارم دبیرستان است و می خواهد ادامه تحصیل دهد.ایشان دوباره پرسیده بودند اگر امکان دارد ما بیاییم دخترخانم را ببینیم تا بعد. اما خانم ما قبول نکرده بودند. بعد خانم ما از ایشان پرسیده بودند اصلاً شما خودتان را معرفی کنید. و ایشان هم گفته بودند؛ من خانم مقام معظم رهبری هستم.
خانم ما از هول و هراس دوباره سلام علیک کرده بود و گفته بود؛ ما تا حالا به همه پاسخ رد داده ایم. اما شما صبر کنید با آقای دکتر صحبت کنم، بعد شما را خبر می کنم.بعد از صحبت با من قرار بر این شد که آنها بیایند و دخترمان را در مدرسه ببینند که هم دخترمان متوجه نشود و هم اینکه اگر آنها نپسندیدند، لطمهای به دختر ما نخورد. طبق هماهنگی قبلی، خانم آقا آمدند و در دفتر مدرسه او را دیدند و رفتند. چند روز گذشت و من برای کاری خدمت آقا رفتم. آقا فرمودند؛ خانم استخاره کرده اند، جوابش خوب نبوده است».
حداد عادل ادامه می دهد: «بعد از چند روز خدمت آقا رفتیم. آقا فرمودند؛ آقای دکتر، داریم خویش و قوم می شویم. گفتم؛ چطور؟ گفتند؛ خانواده آمدند و پسندیدند و در گفت وگو هم به نتیجه کامل رسیده اند، نظر شما چیست؟ گفتم؛ آقا، اختیار ما دست شماست».او ادامه می دهد: «آقا فرمودند که، شما، دکتر و استاد دانشگاهید و خانم تان هم همین طور. وضع زندگی شما مناسب است، اما زندگی من این طور نیست. اگر بخواهم تمام زندگی ام را بار کنم، غیر از کتاب هایم یک وانت بار می شود. اینجا هم دو اتاق اندرون و یک اتاق بیرونی است که آقایان و مسوولان در آنجا با من دیدار می کنند.
من پول ندارم خانه بخرم. خانه ای اجاره کرده ایم که یک طبقه مصطفی و یک طبقه هم مجتبی زندگی می کنند. شما با دخترت صحبت کن که خیال نکند حالا که عروس رهبر می شود، چیزهایی در ذهنش باشد. ما این طور زندگی می کنیم.اما شما زندگی نسبتاً خوبی دارید. حالا اگر ایشان بخواهد وارد این زندگی شود، کمی مشکل است. مجتبی معمم هم نیست. می خواهد قم برود و درس بخواند و روحانی شود. همه اینها را به او بگو بداند».
در بین فرزندان رهبر معظم انقلاب، حجت الاسلام سیدمسعود خامنهای بیشترین اهتمام را به جمعآوری خاطرات پدر داشته اند و به اداره دفتر حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب مشغول است و عمده تصاویر منتشر شده از فرزندان رهبر انقلاب متمرکز بر این فرزند رهبری است که در مقطعی به اشتباه به عنوان تصویر حجت الاسلام سیدمجتبی خامنهای مورد ارجاع قرار میگرفت.همسر سید مسعود خامنه ای دختر آیت الله خرازی و خواهر صادق خرازی می باشد .
حجتالاسلام سید میثم خامنهای نیز فرزند چهارم حضرت آیت الله العظمی خامنه ای، رهبر معظم انقلاب است. او نیز دانش آموخته حوزه علمیه تهران است و سابقه شرکت در درس خارج آیتالله العظمی خامنهای را دارند.سید میثم نیز مشغول تدریس در حوزه علمیه تهران هستند و با دفتر حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب اسلامی همکاری دارند.همسر سید میثم خامنه ای دختر آقای لولاچیان می باشد .
تحصیل در مشهد
سیدعلی خامنهای تحصیل را در چهار سالگی از مکتبخانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد. دورهی دبستان را در نخستین مدرسهی اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند . در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد .همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهی دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهی سلیمانخان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهی نواب رفت و دورهی سطح را در آن به پایان برد. همزمان با تحصیلات حوزوی دورهی دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
وی معالمالاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال 1334 ش، در درس خارج فقه آیتالله سید محمدهادی میلانی حاضر شد.
تدریس درس خارج
ایشان از سال 1369 ق تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته اند.
تحصیلات حوزوی
سید علی خامنهای از سن هجدهسالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد آیتالله میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال 1336 به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و محمد شاهرودی بهره برد. او با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت.
پس از آن از سال 1337 تا 1343 در حوزهٔ علمیهٔ قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. او سر درس آیتالله بروجردی و مرتضی حائری یزدی و علامه طباطبایی حاضر شد و نیز پای درس فقه و اصول سید روحالله خمینی شرکت کرد.در سال 1343 یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن بهرغم علاقهاش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال 1347 همانجا درسآموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون آیتالله میلانی ادامه داد. در کنار آن به کتابهای فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان میآموخت.
شخصیت ادبی
آیتالله خامنهای با حوزهی شعر و ادبیات مأنوس هستند و همواره به مطالعه رمان و داستان علاقمند بودهاند و بسیاری از رمانها و داستانهای معتبر دنیا را مطالعه کردهاند. این علاقه با مطالعه رمانها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. حتی به نقد کتابهای ادبی و شعر هم میپردازند. با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود.
در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمنهای ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل میشد شرکت میکرد. در انجمنهای ادبی به نقد شعر میپرداخت. خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعهی کتب تاریخی بخش دیگری از برنامهی مطالعاتی دائمی ایشان است و به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند.
آثار
آیتالله خامنهای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس اساتید خود را نگاشت و قبل از پیروزی انقلاب به ترجمه و تألیف چند اثر نیز همت گماشت.
تألیفها و پژوهشها
1ـ چهار کتاب اصلی علم رجال
2ـ طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
3ـ پیشوای صادق
4ـ از ژرفای نماز
5ـ صبر
6ـ روح توحید نفی عبودیت غیرخدا
7- گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم
ترجمهها
1- آینده در قلمرو اسلام، نوشتهی سیدقطب
2- صلح امام حسن: پرشکوهترین نرمش قهرمانانهی تاریخ، نوشته شیخ راضی آلیاسین
3- تفسیر فیظلالالقرآن، نوشته سیدقطب
4- مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر
5- ادعانامه علیه تمدن غرب (ترجمه و تحقیقات)
علاوه بر آن، بسیاری از آراء و اندیشههای ایشان که در گفتار و نوشتار ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه، مصاحبه منعکس شده است به صورت کتاب و نرمافزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبانهای دیگر ترجمه شده است. همچنین، پایاننامهها، رسالهها، مقالات و کتابهای گوناگونی ناظر به افکار و اندیشههای ایشان تألیف و تدوین شده است. نیز، بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان «حدیث ولایت» منتشر گردیده است.
نخستین دستگیری (ایام 15 خرداد)
در سال 1342 و در آستانهی ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیامهایی را به آیتالله میلانی و علما، روحانیون و هیأتهای مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاهسازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد. امام خمینی در این پیامها خطمشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعهی مدرسهی فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود . آیتالله خامنهای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خطمشی امام خمینی راهی بیرجند ــ که تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر دربارهی حادثهی مدرسهی فیضیه و سلطهی اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد. به دنبال این سخنرانیها، وی در 12 خرداد 1342 مقارن با هفتم ماه محرم 1383، دستگیر و در مشهد زندانی شد. پس از آزادی وی، آیتالله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد. آیتالله خامنهای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیتالله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــکه در حصر به سر میبرد ـ تشکیل میشد، فعالیتهای سیاسیاش را تداوم بخشید . اندکی پس از آن به حوزهی علمیهی قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازماندهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت. او از جمله روحانیونی بود که در 11 دی 1342 تلگرامی به آیتالله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد . در همان زمان طلاب خراسانی حوزهی علمیهی قم با هدایت او، در اعتراض به ادامهی حصر امام خمینی نامهای به حسنعلی منصور، نخستوزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جملهی آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند.
دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)
ایشان در بهمن 1342 ، مقارن با رمضان 1383 ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد. سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه ـ که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید. در 14 اسفند 1342 قرار بازداشت آیتالله خامنهای به قرار التزام به عدم خروج از حوزهی قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد. از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
تشکیل جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم
آیتالله خامنهای در پاییز 1343 از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت. او در زمرهی روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامهای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در 29 بهمن 1343 به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند. سیدعلی خامنهای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنهای و محمدتقی مصباح یزدی. اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزهی علمیهی قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزلهی بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب میشود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامهریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه بهعنوان اولین تشکیلات سری حوزهی علمیهی قم یاد میشود، فعالیت این گروه در اواخر سال 1345 ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیتالله خامنهای تحت تعقیب قرار گرفتند.
بنیانگذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشستهای جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود… آقایان [علی] مشکینی، ربانیشیرازی، [ناصر] مکارم و… یک عده مسنترها هم شرکت میکردند.»این جلسهها و تصمیماتی که در آن گرفته میشد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکابها و دستاندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبههای جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیتالله خامنهای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش میرود، آمده است. ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیتالله خامنهای (مترجم کتاب) نشد. آیتالله خامنهای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.
سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیتالله سید حسن قمی در فروردین 1346 که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیتالله خامنهای از آیتالله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند. این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازهی آیتالله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند. او در 26 تیر همان سال آزاد شد. اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت.
آیتالله خامنهای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسلهای جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشههای مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیتهای زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاعرسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگراییاش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمینلرزهی ویرانگر جنوب خراسان در 9 شهریور 1347 عدهای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیتالله خامنهای با هدف امداد و ساماندهی کمکهای مردمی به زلزلهزدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبهرو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمکرسانی به زلزلهزدگان انجام داد. حضور و کمکرسانی دو ماههی آیتالله خامنهای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزلهزده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیتها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد . او در اواخر دیماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبهرو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوعالخروج بود.
محکومیت به شش ماه حبس
آیتالله خامنهای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامهی کیهان و احضار آیتالله خامنهای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عدهای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید. او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدویکنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور مییافت. او با تشکیل جلساتی با حضور عدهای از روحانیون دربارهی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیمگیری و اقدام میکرد.
آیتالله خامنهای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم میکوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی میشد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری میدانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال 1348 برگزار کرد.
تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیتالله سید مصطفی خمینی در اول آبان 1356 در نجف اشرف، آیتالله خامنهای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در 6 آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عدهای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند . با درگذشت آیتالله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحلهی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، بهرغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیتالله خامنهای هم در زمرهی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در 23 آذر 1356 به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود . اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهرهگیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند . سخنرانیهای او در مسجد آلرسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت بهعمل آورند .
او در 19 فروردین 1357 در پی کشتار مردم در یزد، در نامهای به آیتالله محمد صدوقی این اقدام وحشیانهی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامهی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت. این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید .
وقوع سیل در ایرانشهر در 11 تیر 1357 موقعیتی فراهم آورد تا آیتالله خامنهای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهدهدار شود. وی با هماهنگیهایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیلزدهها تقسیم کند .آیتالله خامنهای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی دربارهی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار میگرفت و با نامهنگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیمگیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
تبعید به جیرفت
با اوجگیری انقلاب اسلامی در آستانهی ماه رمضان، 28 شعبان 1398 مصادف با 28 تیر 1358 ، شماری از طلاب حوزهی علمیهی مشهد به ادامهی تبعید آیتالله خامنهای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید. گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیتالله خامنهای در راستای جهتدهی و ساماندهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیتهای بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در 22 مرداد به جیرفت انتقال یافت.
مبارزات سیاسی آیتالله خامنهای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در 15 شهریور 1357 صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد . این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدیای بود که در نامهای به آیتالله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند . وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانهای ایراد کرد.
بازگشت به مشهد
با گسترش مبارزات مردمی و ازهمگسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیتالله خامنهای در اول مهر 1357 از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر ساماندهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد. در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و ارادهی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامهی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند.
فعالیتهای مبارزاتی آیتالله خامنهای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازماندهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانهای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد. در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در 10 آبان 1357 از پاریس با آیتالله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیتالله خامنهای را اعلام کرد. آیتالله خامنهای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد . او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمینژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیتالله خامنهای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیتالله خامنهای به عنوان یکی از پرچمداران برجستهی انقلاب در خراسان نام برده شده است.
عضویت در شورای انقلاب
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانههای پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در 22 دی 1357 فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیتالله خامنهای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی 1357 به تهران آمد و در مدرسهی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، بهویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحلهی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامهریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت . پس از تشکیل کمیتهی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی مسئولیت کمیتهی تبلیغات آن را عهدهدار شد.
سرپرستی سپاه پاسداران
از دیگر مأموریتهای وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در 3 آذر 1357 بود. وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت میکرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پارهای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود . وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، بهویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در 5 اسفند 1357 از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد.
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیتالله خامنهای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، همزمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دورهی گذار ، بههمراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت میکرد . این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در 29 بهمن 1357 رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایههای تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان 1356 بر میگردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشهی اسلامی بودند . بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیتالله خامنهای در این زمینه قابل ملاحظه بود .
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی میتوان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پیریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقشآفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشهی اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظهی سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاههای اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضعگیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد . وی از تهیهکنندگان مرامنامهی حزب بود. در تقسیمبندی وظایف اعضا نیز وظیفهی تبلیغات حزب را برعهده گرفت . ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دورهی تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوههایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبهی حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در 26 اسفند 1357 افتتاح کرد.
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیتالله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیتالله خامنهای در شهریور 1360 از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد. در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دههی 1360 ، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایههای نظام جمهوری اسلامی بود .
ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی میدانستند. نخستین کنگرهی حزب در اردیبهشت 1362 برگزار و آیتالله خامنهای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری حزب انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسههای حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت میکرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ میداد .
ایشان همزمان با دورهی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیهی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب از جمله آیتالله خامنهای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدتبخش به عامل تفرقه و تشدید جناحبندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیهی خود را نداشت. لذا آیتالله خامنهای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد 1366 با نگارش نامهای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناحبندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند . امام خمینی نیز در 11 خرداد 1366 با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد.
ترور نافرجام توسط منافقین
آیتالله خامنهای در 6 تیر 1360 و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد. امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئهی سوءقصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیهی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانستهاند . آیتالله خامنهای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنیصدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در 18 مرداد 1360 از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنهی اجتماع و سیاست بازگشت و از 26 مرداد 1360 در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد.
دوران ریاست جمهوری
دوره اول ریاست جمهوری
انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با 95 درصد آرا
پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند.
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروهها و شخصیتهای مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهمترین حامیان آیتالله خامنهای ائتلاف گروههای خط امام بود. انتخابات در 10 مهر 1360 برگزار شد و آیتالله خامنهای با کسب اکثریت مطلق آراء (95 ممیز 11 درصد) به عنوان رئیسجمهور انتخاب شد . در 17 مهر 1360 امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد و در 21 مهر به عنوان سومین رئیسجمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد.
در 27 مهر 1360 علیاکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخستوزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد، ولی وی در رأیگیری روز 30 مهر 1360 نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید در 4 آبان 1360 میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامهی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجهی دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی کنی بود به عنوان نخستوزیر به مجلس معرفی کرد. او توانست در 6 آبان 1360 آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند
دورهی دوم ریاست جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلافنظرها با نخستوزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخستوزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیسجمهور، و در آستانهی انتخاب نخستوزیر آنگاه که معلوم شد آیتالله خامنهای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخستوزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخستوزیری است برخی نظامیها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهههای جنگ منوط به نخستوزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیتالله خامنهای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخستوزیر معرفی کند. آیتالله خامنهای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد . در دورهی دوم ریاست جمهوری آیتالله خامنهای اختلافات رئیس جمهور و نخستوزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
منبع:بیوگرافی خامنه ای